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《條例》明確，生態(tài)保護補償應(yīng)遵循政府主導、企業(yè)和社會參與、市場化運作、可持續(xù)的原則?？h級以上人民政府通過財政轉(zhuǎn)移支付等方式，對森林、濕地、海洋、漁業(yè)、耕地等重點領(lǐng)域和國家公園等重點生態(tài)區(qū)域內(nèi)承擔生態(tài)保護責任的有關(guān)單位和個人按照規(guī)定給予補償。在規(guī)定的補償范圍之外，市、縣、自治縣人民政府可根據(jù)本地區(qū)生態(tài)功能定位、本級財力狀況等因素擴大生態(tài)保護補償范圍和提高補償標準?！稐l例》分別對森林、濕地、海洋、漁業(yè)、耕地等重點領(lǐng)域設(shè)置了專門條款，進一步細化和完善了重要生態(tài)系統(tǒng)的補償政策，并對各領(lǐng)域生態(tài)保護補償范圍、主體、考量因素、主管部門責任以及激勵與約束機制作了詳細規(guī)定。《條例》特別設(shè)置了海洋生態(tài)保護補償條款，將海灣、河流入?？?、海島、灘涂等重點海洋生態(tài)系統(tǒng)納入補償范圍，同時以列舉的方式，明確了國家公園等生態(tài)保護補償重點生態(tài)區(qū)域。
《條例》提出，在政府主導型生態(tài)保護補償基礎(chǔ)上，采取區(qū)域間合作、市場交易等多元補償方式。一方面，鼓勵生態(tài)受益地區(qū)與生態(tài)保護地區(qū)通過簽訂生態(tài)保護補償協(xié)議，開展橫向生態(tài)保護補償活動。另一方面，推動建立市場化生態(tài)保護補償機制，逐步推進市場化交易補償。包括建立綠色產(chǎn)品標識、綠色金融、綠色采購等激勵機制，促進生態(tài)產(chǎn)品價值實現(xiàn)；推進海南省水資源使用權(quán)確權(quán)工作，鼓勵水權(quán)人通過節(jié)約使用水資源有償轉(zhuǎn)讓相應(yīng)取水權(quán)，獲得相應(yīng)補償；探索碳排放權(quán)交易補償模式，逐步構(gòu)建以碳排放權(quán)抵消機制為核心的交易機制等。《條例》按照《海南自由貿(mào)易港建設(shè)總體方案》中關(guān)于生態(tài)保護補償機制建設(shè)的要求，確立企業(yè)社會參與的基本原則，并在進一步明確各級政府及其相關(guān)部門在生態(tài)保護補償方面的職責、嚴格規(guī)范政府行為的基礎(chǔ)上，貫徹環(huán)境共治理念，注重引導、發(fā)揮社會主體參與生態(tài)保護補償?shù)闹匾饔??！稐l例》提出，鼓勵社會主體主動開展海洋生態(tài)保護活動，鼓勵社會力量參與生態(tài)保護補償活動等。
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